İdrarın oluşumu üç aşamada gerçekleşmektedir. Bu aşamalar sırasıyla; süzülme, geri emilim ve salgılama şeklinde gerçekleşir. Tek tek bu aşamaları inceleyebiliriz.

Öncelikle aorttan pompalanan kanın %20-%25'i böbrek atardamarı ile böbreğe getirilir. Nefron adı verilen böbreğin en küçük yapı taşı tarafından bu kan süzülür. Süzülen sıvı içerisinde Na+, K+, Mg2+, HCO3- gibi iyonlar ile amonyak, üre, ürik asit ve kreatin gibi boşaltım maddeleri, glikoz ve vitamin bulunmaktadır. Yani nefronlara giren süzüntüde yalnızca zararlı maddeler değil; birçok yararlı madde de vardır.

Süzüntü sıvı böbreklerden doğrudan atılırsa glikoz, aminoasit, su, mineral gibi maddelerin yitirilmesi vücudun su dengesini bozar ve bunun sonucunda ölüm meydana gelebilir. Bu nedenle süzülen sıvı içindeki yararlı maddeler, nefron kanalcıklarında ilerlerken bu kanalcıkları saran kılcal damarlara geçerek yeniden kan dolaşımına katılır. Bu olaya geri emilim adı verilmektedir. Geri emilim, maddenin kandaki yoğunluğuna bağlıdır.

Bazı zararlı maddelerin enerji harcanarak nefron kanallarına verilmesine salgılama denir. Bu işlem, vücudun gereksiz ve zararlı maddelerden kurtulmasını sağlar.

Sonuç olarak, böbrekte süzülme, geri emilim ve salgılama faaliyetleri sonucu böbrek toplardamarı ile böbrekten çıkan kanda oksijen, besin ve atık madde azalır. Böylece idrar toplama kanallarında kalan maddeler idrarı oluşturur. İdrar, atık maddeler üreter ile idrar kesesine yollanır. İdrarın oluşumu bu şekilde gerçekleşir.