İdrarda mikrop bulunmasının sebebi, genellikle idrar yolunda veya idrar kesesinde meydana gelen iltihaplanmalardır. İdrar yolu enfeksiyonu, genellikle idrar yolundan mesaneye kadar ulaşan bakterilerin neden olduğu bir enfeksiyondur. Bu enfeksiyon sadece mesanede görülürse "sistit" olarak adlandırılır. Eğer mikroplar böbreklere ve üst idrar kanalına ulaşırsa bu duruma "piyelonefrit" denir. İdrar yolu enfeksiyonları arasında tedavisi en basit olan rahatsızlık türü sistittir. İdrar yolu enfeksiyonunun en önemli belirtisi, idrar sırasında ve sonrasında ortaya çıkan yanma hissidir. İdrar yolu enfeksiyonunun diğer belirtileri ise:

İdrar yolu rahatsızlıkları, yanlış ve geç tedavi edildiğinde böbreklere, gebelerde ise fetüse zarar verebilmektedir.

İdrara sık çıkma, idrarda yanma, idrar yaparken zorlanma, idrarda kan olması, karın ve bel ağrısı, idrar tutamama, halsizlik ve ateş idrar yolu enfeksiyonunda gözlenen klinik belirtilerdir. Bu durumda kesinlikle bir hekime başvurmak gerekir. Belirtiler çok şiddetli değilse ilk önlem olarak daha fazla sıvı almak önemlidir. Bol sıvı alımı, daha sık idrara çıkma sağlayarak idrarın süpürücü etkisi ile mikropların dışarıya atılmasını sağlar. İdrar tahlili, hekimlere çok önemli belirtiler sunar; fakat bazı durumlarda yeterli olmadığından idrar kültürü de istenebilir. Bu aşamada yapılacak en büyük hatalardan biri, doktor kontrolü olmadan antibiyotik kullanımıdır. Yanlış kullanılan ilaçlar, gelecekte daha büyük sorunlar yaratabilir. Eğer enfeksiyonlar bir yıl içinde üç kez veya daha sık oluyorsa, altta yatan diğer sebeplerin de araştırılması gerekebilir.

İdrar yollarının dışarıya çok kısa bir kanalla açılması, özellikle kadınlarda dışarıdan mikropların girmesini daha kolay hale getirir. Genellikle vajinal ve anal bölgede bulunan ve "üropatojen" olarak adlandırılan enterik bakteriler, idrar kanalına ve idrar torbasına kolayca bulaşabilmektedir. Bu mikropların idrar torbasına girmesi ve çoğalması enfeksiyonların oluşmasına neden olur. Genellikle beden direncinin azaldığı durumlarda daha sık görülmektedir. Aynı şekilde sauna, havuz gibi ıslak ortamlar, cinsel ilişki ve genital akıntı gibi durumlar da bu enfeksiyonların altta yatan sebepleridir. Üriner sistem enfeksiyonu, sık sık kadınları etkileyen basit bir enfeksiyondur. Kolay tedavi edilebilmeleri, böbrek hasarına ve bozukluklarına yol açmamaları nedeniyle tanı, klinik belirtiler ve idrar tahlili ile konulabilir. Kesin tanı için idrar kültürü testi alınması gereklidir.