İdrarda yassı epitel hücrelerinin varlığı, genellikle idrar yollarının yüzeyini kaplayan epitel dokularından dökülen hücreler nedeniyle gözlemlenir. İdrarda az miktarda epitel hücrelerinin görülmesi normaldir, ancak belirli bir eşiğin üzerinde olması patolojik durumların habercisi olabilir. Birim alanda görülen yassı epitel hücre sayısının 15-20'nin altında olması gerekmektedir. Böbrek tübüllerine ait yassı epitel hücrelerinin idrarda görülmemesi beklenir. Erkeklerde idrarda yassı epitel hücrelerinin varlığı, genellikle üretra enfeksiyonuna işaret ederken, kadınlarda vajinal kontaminasyon nedeniyle görülebilir ve bu durumda klinik bir önemi yoktur.

Genital bölgenin temizliğinin yetersiz olması, idrar örneği verilmeden önce hijyen kurallarına dikkat edilmemesi, idrar testi için kullanılan tüplerin temiz olmaması ve tüplere idrar verilmeden önce veya sonra dokunulması, idrarda yassı epitel hücrelerinin görülmesine neden olabilir.

İdrar yolu enfeksiyonları genellikle üretrada başlar ve idrar torbasına doğru ilerler. Enfeksiyon idrar torbasına ulaştığında, yüzeyindeki epitel doku hücrelerinin dökülmesine neden olabilir. Şiddetli enfeksiyonlarda böbreklere ait yassı epitel hücreleri de görülebilir.

Genel böbrek hasarı ve renal tüp dejenerasyonu gibi durumlar, böbrek tübüllerinden yassı epitel hücrelerinin kopmasına ve idrarda görülmesine neden olabilir.

Menopoza giren kadınlarda östrojen seviyesinin düşmesi sonucu idrarda olgunlaşmamış epitel hücreleri görülebilir.

İdrarda epitel hücrelerinin çok ender olarak kanser hastalığına işaret ettiği bilinmektedir.

İdrarda yassı epitel ciddi boyutlarda ise kanser ve böbrek yetmezliğine bağlı olarak cerrahi müdahale gerekebilir.